清河区第二小学机构设置包括教务处、政教处、党务办公室、校务办公室等。
党务办公室：宣传和执行党的基本路线、方针、政策，负责制定党支部的学习计划并组织实施，负责全体党员各类会议的安排，做好会议记录。组织全体党员加强思想政治理论学习，提高政治觉悟和思想素质，抓好全体党员的思想政治工作。
校务办公室：学校的综合管理部门，负责各项行政事务的处理和协调工作。每个机构都有自己独立的职责范围和管理权限，协同合作共同推动学校的发展。
教务处：制定并执行学校教学计划，确保教学质量和学生学习效果。组织并实施各种教学活动，包括课堂教学、实践教学、考试等。负责教学资源的调配和管理，制定并执行教师工作评估标准，监督教师工作表现，提高教师教学水平。负责学生的学籍管理，包括入学、转学、退学等手续的办理。组织并实施各种学生活动，包括学术竞赛、社会实践等。负责学生的考试管理和成绩评定，提供成绩查询和证明。
政教处：负责学生纪律管理和行为规范，尤其是对学生的品德培养和心理健康方面的工作。根据上级和学校的要求，负责全校学生工作制度规范体系建设，负责学生日常教育管理，评选、表彰各类学生先进集体和先进个人。
安全办公室：在校长领导下，具体负责学校日常安全管理工作。建立健全安全规章制度，监督和排查学校各项安全隐患、消防安全责任制等安防制度落实情况。
教育科研处：制定学校科研工作规划，组织教科研课题、论文的交流与评选。主持课题研究与开发，及时了解先进教育教学信息，介绍先进教育理念和实践经验等。
信息部：负责学校的信息化建设和网络管理工作，推动教育信息化发展，提升教学和管理效率。负责学校对外宣传及新一年招生工作。
